دانشگاه‌های ایران در ربودن اتباع خارجی و دوتابعیتی نقش داشته‌اند. احمدرضا جلالی، کارشناس طب اورژانسی بلایای طبیعی، به دعوت دانشگاه‌های تهران و شیراز ظاهرا برای برگزاری کارگاه‌های آموزشی به ایران رفت، و در آنجا اطلاعات سپاه او را به اتهام «جاسوسی برای اسرائیل» دستگیر و سپس دستگاه قضایی ایران وی را محکوم به اعدام کرد.
دانشگاه‌های ایران همچنین با سپاه پاسداران برای سرکوب دانشجویان معترض نیز همکاری می‌کنند. اطلاعات سپاه دانشجویان نخبه دانشگاهی را بازداشت می کند.
دانشگاه‌های ایران همچنین با جلوگیری از تحصیل که «اقلیت»، «سیاسی» و یا «اقلیت دینی» می نامند داتشجویان ستاره دار را از تحصیل محروم می کند و اینگونه به پیشبرد سیاست ایدئولوژیک تبعیض‌آمیز رژیم کمک می‌کنند.
فرهاد رضایی، تحلیلگر سیاسی، در مقاله‌ای برای «الگماینر» می‌گوید جامعه دانشگاهی غرب باید در برابر نقش محوری دانشگاه‌های ایران در همکاری با سپاه پاسداران و پیشبرد سیاست‌های ایدئولوژیک حکومت ایران موضع بگیرد.
به گفته وی، بسیاری از دانشگاه‌های ایران و اعضای هیئت علمی آنها با سپاه پاسداران «رابطه نزدیک» دارند. سپاه از دانشگاه‌ها برای پنهان کردن برنامه غیرقانونی توسعه تسلیحات هسته‌ای خود استفاده می‌کند، و چندین دانشگاه ایرانی میزبان مراکز پژوهشی هسته‌ای ایران هستند.
برای مثال، پژوهشکده هسته‌ای دانشگاه‌های اصفهان و شهید بهشتی و گروه فیزیک و علوم هسته‌ای دانشگاه صنعتی امیرکبیر آزمایش‌های متعددی در زمینه تولید سلاح‌های هسته‌ای انجام داده‌اند.
رضایی نتیجه می‌گیرد که حکومت ایران، مدام مشغول شکستن هنجارهای بین‌المللی و فرار از مجازات بابت نقض گسترده حقوق بشر بوده است. بنابراین لازم است جامعه دانشگاهی غرب در برابر همکاری دانشگاه‌های ایران با سپاه موضع‌گیری کند.
گوناز تی وی
M.S
